南越王博物院为广州市文化广电旅游局下属正处级公益一类事业单位，下设11个部门，分别是办公室、安全保卫部、人力资源部、文物保护部、藏品管理部、陈列部、研究部、公共服务部、宣教文创部、考古部和信息资料部，主要任务是“负责西汉南越国宫署遗址、南越王墓等遗址的考古发掘、文物保护、藏品管理及征集；负责有关场馆的陈列展示、社会教育、公共服务、旅游推广、文创开发等；负责西汉南越国史、南汉国史、岭南文化中心地、海上丝绸之路广州史迹、广州城建两千年发展史等相关学术研究”。